COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-13 17:00:00 22.655330 29.483902 29.428490
2021-01-12 17:00:00 26.568913 26.568913 29.418734
2021-01-11 17:00:00 29.450333 29.450333 29.518810
2021-01-10 17:00:00 29.517471 29.517471 29.692133
2021-01-09 17:00:00 30.079648 30.079648 29.797661
2021-01-08 17:00:00 30.836470 30.836470 29.948050
2021-01-07 17:00:00 33.730790 33.730790 30.055370

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-13 17:00:00 25.343019 25.343019 26.584063
2021-01-12 17:00:00 22.157434 22.157434 26.590580
2021-01-11 17:00:00 30.379747 30.379747 26.682241
2021-01-10 17:00:00 27.900797 27.900797 26.645515
2021-01-09 17:00:00 28.109628 28.109628 26.646904
2021-01-08 17:00:00 25.196850 25.196850 27.349506
2021-01-07 17:00:00 30.411687 30.411687 27.945495

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-13 17:00:00 14.457831 14.457831 22.959665
2021-01-12 17:00:00 27.586207 27.586207 22.577871
2021-01-11 17:00:00 50.967742 50.967742 22.484419
2021-01-10 17:00:00 22.784810 22.784810 22.488787
2021-01-09 17:00:00 18.404118 18.404118 22.570942
2021-01-08 17:00:00 23.467862 23.467862 22.946049
2021-01-07 17:00:00 18.787879 18.787879 22.983028

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-13 17:00:00 9.474389 9.474389 13.508275
2021-01-12 17:00:00 9.928230 9.928230 13.350250
2021-01-11 17:00:00 17.786561 17.786561 13.513446
2021-01-10 17:00:00 14.872727 14.872727 13.519658
2021-01-09 17:00:00 14.218487 14.218487 13.683648
2021-01-08 17:00:00 15.314927 15.314927 13.932023
2021-01-07 17:00:00 20.663995 20.663995 14.316416

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-13 17:00:00 11.367636 11.367636 15.215719
2021-01-12 17:00:00 14.990942 14.990942 15.475342
2021-01-11 17:00:00 16.073678 16.073678 15.802275
2021-01-10 17:00:00 12.259074 12.259074 15.998939
2021-01-09 17:00:00 19.484727 19.484727 16.270987
2021-01-08 17:00:00 20.949542 20.949542 16.525852
2021-01-07 17:00:00 16.202064 16.202064 17.358364

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-13 17:00:00 25.839000 25.839000 42.476203
2021-01-12 17:00:00 43.561873 43.561873 42.665888
2021-01-11 17:00:00 55.327635 55.327635 43.255831
2021-01-10 17:00:00 48.539177 48.539177 42.898254
2021-01-09 17:00:00 40.251855 40.251855 43.868711
2021-01-08 17:00:00 52.953476 52.953476 44.728661
2021-01-07 17:00:00 53.725585 53.725585 44.501290

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-13 17:00:00 38.888889 38.888889 36.413146
2021-01-12 17:00:00 31.545588 31.545588 36.755268
2021-01-11 17:00:00 39.324619 41.036369 35.997358
2021-01-10 17:00:00 38.814994 38.814994 34.931842
2021-01-09 17:00:00 44.911504 27.411504 34.866868
2021-01-08 17:00:00 43.565038 43.565038 34.816072
2021-01-07 17:00:00 37.444196 37.444196 34.818571

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-13 17:00:00 24.784748 24.784748 28.846883
2021-01-12 17:00:00 28.206699 28.206699 28.765314
2021-01-11 17:00:00 25.968109 25.968109 29.022290
2021-01-10 17:00:00 34.021824 34.021824 29.085549
2021-01-09 17:00:00 27.127286 27.127286 29.262903
2021-01-08 17:00:00 33.950747 33.950747 29.243103
2021-01-07 17:00:00 29.798995 29.798995 29.229901

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-13 17:00:00 27.816901 27.816901 29.563735
2021-01-12 17:00:00 18.145957 24.589086 29.740914
2021-01-11 17:00:00 25.167038 25.167038 29.941819
2021-01-10 17:00:00 34.888060 34.888060 30.145340
2021-01-09 17:00:00 37.491091 37.491091 30.606284
2021-01-08 17:00:00 27.932961 27.932961 31.242915
2021-01-07 17:00:00 37.051040 37.051040 31.958588

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-13 17:00:00 23.424457 23.424457 29.239416
2021-01-12 17:00:00 21.285290 21.285290 29.590433
2021-01-11 17:00:00 28.483920 28.483920 29.904512
2021-01-10 17:00:00 33.367378 33.367378 30.311791
2021-01-09 17:00:00 31.087954 31.087954 30.694176
2021-01-08 17:00:00 30.619248 30.619248 31.206231
2021-01-07 17:00:00 37.210848 37.210848 31.863641

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-13 17:00:00 10.462075 10.462075 14.087994
2021-01-12 17:00:00 14.200341 14.200341 14.259992
2021-01-11 17:00:00 28.931364 9.206525 14.455627
2021-01-10 17:00:00 18.467742 18.467742 14.846937
2021-01-09 17:00:00 17.097416 17.097416 15.147635
2021-01-08 17:00:00 14.722005 14.722005 15.641741
2021-01-07 17:00:00 15.813528 15.813528 16.091180

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-13 17:00:00 11.411765 11.411765 8.372314
2021-01-12 17:00:00 8.275862 8.275862 8.152248
2021-01-11 17:00:00 10.080645 10.080645 8.448316
2021-01-10 17:00:00 12.187160 4.134929 8.473220
2021-01-09 17:00:00 6.884058 6.884058 8.550183
2021-01-08 17:00:00 11.343284 11.343284 8.555216
2021-01-07 17:00:00 8.640407 8.640407 8.796299

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-13 17:00:00 40.512048 40.512048 43.123881
2021-01-12 17:00:00 24.384236 24.384236 44.189187
2021-01-11 17:00:00 35.310734 35.310734 43.668796
2021-01-10 17:00:00 55.508475 55.508475 44.148560
2021-01-09 17:00:00 48.780488 48.780488 44.277962
2021-01-08 17:00:00 39.277108 39.277108 44.255084
2021-01-07 17:00:00 45.739130 45.739130 44.388743

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-13 17:00:00 64.575646 64.575646 39.993398
2021-01-12 17:00:00 48.247423 48.247423 40.686804
2021-01-11 17:00:00 44.230769 17.490494 41.566821
2021-01-10 17:00:00 63.419118 32.169118 41.507766
2021-01-09 17:00:00 35.148515 35.148515 41.289506
2021-01-08 17:00:00 49.689441 49.689441 42.258006
2021-01-07 17:00:00 44.155844 44.155844 42.751772

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-13 17:00:00 29.374090 29.374090 30.399643
2021-01-12 17:00:00 29.993342 29.993342 31.038813
2021-01-11 17:00:00 32.239280 32.239280 31.378318
2021-01-10 17:00:00 33.896159 33.896159 31.963383
2021-01-09 17:00:00 41.483888 23.639318 32.501472
2021-01-08 17:00:00 26.970954 26.970954 33.173684
2021-01-07 17:00:00 41.711674 41.711674 34.122446

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-13 17:00:00 25.548996 25.548996 31.017427
2021-01-12 17:00:00 29.305136 29.305136 30.724585
2021-01-11 17:00:00 22.454874 22.454874 30.645066
2021-01-10 17:00:00 52.938497 52.938497 30.969223
2021-01-09 17:00:00 34.723187 34.723187 30.702481
2021-01-08 17:00:00 27.181140 27.181140 31.824145
2021-01-07 17:00:00 24.820552 24.820552 32.477921

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-13 17:00:00 8.927203 8.927203 12.797558
2021-01-12 17:00:00 30.763473 17.025684 12.648408
2021-01-11 17:00:00 12.157895 12.157895 12.615843
2021-01-10 17:00:00 13.473590 13.473590 12.691848
2021-01-09 17:00:00 11.418944 11.418944 12.775171
2021-01-08 17:00:00 10.066280 10.066280 12.797058
2021-01-07 17:00:00 19.417476 19.417476 12.769779

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-13 17:00:00 31.130435 31.130435 30.250038
2021-01-12 17:00:00 29.681924 29.681924 29.860171
2021-01-11 17:00:00 30.726041 30.726041 29.687123
2021-01-10 17:00:00 33.604809 33.604809 29.485037
2021-01-09 17:00:00 28.933291 28.933291 29.199378
2021-01-08 17:00:00 28.998741 28.998741 28.867286
2021-01-07 17:00:00 28.711485 28.711485 28.674455

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-13 17:00:00 13.643703 13.643703 14.246842
2021-01-12 17:00:00 11.503417 11.503417 14.247603
2021-01-11 17:00:00 18.398058 18.398058 14.422531
2021-01-10 17:00:00 11.459092 11.459092 14.432057
2021-01-09 17:00:00 14.909808 14.909808 14.797252
2021-01-08 17:00:00 16.436364 16.436364 15.046588
2021-01-07 17:00:00 22.218521 22.218521 15.332575

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-13 17:00:00 24.898621 24.898621 18.418131
2021-01-12 17:00:00 15.495087 15.495087 18.553019
2021-01-11 17:00:00 26.486486 4.215054 17.995547
2021-01-10 17:00:00 33.771353 33.771353 18.124796
2021-01-09 17:00:00 23.505976 23.505976 17.573902
2021-01-08 17:00:00 17.842324 17.842324 17.622276
2021-01-07 17:00:00 43.537415 6.274510 17.918316

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-13 17:00:00 19.387755 19.387755 22.898752
2021-01-12 17:00:00 8.092486 14.285714 22.696746
2021-01-11 17:00:00 29.347826 29.347826 22.836586
2021-01-10 17:00:00 35.185185 35.185185 23.271276
2021-01-09 17:00:00 19.298246 19.298246 23.277260
2021-01-08 17:00:00 28.089888 28.089888 22.716484
2021-01-07 17:00:00 36.666667 36.666667 22.759773

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-13 17:00:00 50.280224 50.280224 60.578129
2021-01-12 17:00:00 52.926587 52.926587 61.896926
2021-01-11 17:00:00 61.602011 61.602011 64.957691
2021-01-10 17:00:00 56.727749 56.727749 66.752820
2021-01-09 17:00:00 59.753277 59.753277 68.641567
2021-01-08 17:00:00 72.346786 72.346786 70.340308
2021-01-07 17:00:00 69.649429 69.649429 71.945618

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 25.343019 25.343019 26.584063
Basilicata 14.457831 14.457831 22.959665
Calabria 9.474389 9.474389 13.508275
Campania 11.367636 11.367636 15.215719
Emilia-Romagna 25.839000 25.839000 42.476203
Friuli Venezia Giulia 38.888889 38.888889 36.413146
Lazio 24.784748 24.784748 28.846883
Liguria 27.816901 27.816901 29.563735
Lombardia 23.424457 23.424457 29.239416
Marche 10.462075 10.462075 14.087994
Molise 11.411765 11.411765 8.372314
P.A. Bolzano 40.512048 40.512048 43.123881
P.A. Trento 64.575646 64.575646 39.993398
Piemonte 29.374090 29.374090 30.399643
Puglia 25.548996 25.548996 31.017427
Sardegna 8.927203 8.927203 12.797558
Sicilia 31.130435 31.130435 30.250038
Toscana 13.643703 13.643703 14.246842
Umbria 24.898621 24.898621 18.418131
Valle d'Aosta 19.387755 19.387755 22.898752
Veneto 50.280224 50.280224 60.578129

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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